
| 第1話 | 太陽に挑む者 | |
| 第2話 | 禁忌の身体 | |
| 第3話 | おかあさん…… | |
| 第4話 | 愛の錬成 | |
| 第5話 | 疾走!機械鎧(オートメイル) | |
| 第6話 | 国家錬金術師資格試験 | |
| 第7話 | 合成獣(キメラ)が哭く夜 | |
| 第8話 | 賢者の石 | |
| 第9話 | 軍の狗<いぬ>の銀時計 | |
| 第10話 | 怪盗サイレーン | |
| 第11話 | 砂礫の大地・前編 | |
| 第12話 | 砂礫の大地・後編 | |
| 第13話 | 焔 vs 鋼 | |
| 第14話 | 破壊の右手 | |
| 第15話 | イシュヴァール虐殺 | 1 |
| 第16話 | 失われたもの | 1 |
| 第17話 | 家族の待つ家 | 1 |
| 第18話 | マルコー・ノート | 1 |
| 第19話 | 真実の奥の奥 | 1 |
| 第20話 | 守護者の魂 | 1 |
| 第21話 | 紅い輝き | 1 |
| 第22話 | 造られた人間 | 1 |
| 第23話 | 鋼のこころ | 1 |
| 第24話 | 思い出の定着 | 1 |
| 第25話 | 別れの儀式 | 1 |
| 第26話 | 彼女の理由 | 1 |
| 第27話 | せんせい | 1 |
| 第28話 | 一は全、全は一 | 1 |
| 第29話 | 汚れなき子ども | 1 |
| 第30話 | 南方司令部襲撃 | 1 |
| 第31話 | 罪 | 1 |
| 第32話 | 深い森のダンテ | 1 |
| 第33話 | 囚われたアル | 1 |
| 第34話 | 強欲の理論 | 1 |
| 第35話 | 愚者の再会 | 1 |
| 第36話 | 我が内なる科人<トガビト> | 1 |
| 第37話 | 焔の錬金術師/戦う少尉さん/第十三倉庫の怪 | |
| 第38話 | 川の流れに | 1 |
| 第39話 | 東方内戦 | 1 |
| 第40話 | 傷痕 | 1 |
| 第41話 | 聖母 | 1 |
| 第42話 | 彼の名を知らず | 1 |
| 第43話 | 野良犬は逃げ出した | 1 |
| 第44話 | 光のホーエンハイム | 1 |
| 第45話 | 心を劣化させるもの | 1 |
| 第46話 | 人体錬成 | 1 |
| 第47話 | ホムンクルス封印 | 1 |
| 第48話 | さようなら | 1 |
| 第49話 | 扉の向こうへ | 1 |
| 第50話 | 死 | 1 |
| 第51話 | ミュンヘン1921 | 1 |